高中生侦探工藤新一在一次追查黑衣人犯罪团伙的可疑交易时，不幸被同伙从背后击晕，并被灌下神秘的毒药。当他醒来时，震惊地发现自己的身体竟然缩小成了小孩！为了防止黑衣组织察觉他还活着而危及身边的人，新一在阿笠博士的建议下决定隐姓埋名。博士还为他量身打造了诸多间谍道具，助他在暗中继续追查组织的下落，期盼有朝一日能找回解药。一日，新一的青梅竹马毛利兰来到阿笠博士家寻找男友的下落。情急之下，新一化名为江户川柯南，成功瞒过了小兰。为了搜集黑衣组织的情报，柯南顺势寄住在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，柯南便籍由跟随他四出办案的机会，暗中追查那些以酒名作为代号的黑衣人的真面目。在此期间，柯南在小学结识了步美等小伙伴，他们共同组建了少年侦探团。外表看似小孩，智慧却过于常人的小小侦探，就此向罪犯宣战！
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