从人类的思想与情感中诞生的「e-脉冲」，如今被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源而广泛运用。在这项技术推动社会获得显著发展的繁荣背后，恐怖的怪物却悄然浮现——那便是吞食e-脉冲以不断进化的神秘生命体「数码兽」。少年天马智郎因与突然从辅助蛋中现身的数码兽「壁虎兽」意外相遇，自此被卷入了一个充满未知与危机的非日常世界。在以赚取赏金为生的团队「黄金黎明」（Golden Dawn）中，他与领导者泽城响及伙伴们共同生活，并在一次次的并肩作战中重新下定了决心。当人类的情感具象化为力量，当少年与数码兽的命运紧密交织，他们即将共同面对的，究竟是一个怎样的全新未来？
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